重生不單是指出生也指重新開始的生命，所有舊的東西都要除去。
這段經文中記載尼哥底母是猶太人的官，法利賽人，是猶太人的師傅，是嚴格遵守律法與努力遵行律法的人。他發覺耶穌所行的與他有很大的差別，他從耶穌所行的知道耶穌是從神那裡來的，有神的同在，而人無法靠行律法得神的同在。
主耶穌明確的告訴他（人必須重生，才能見神的國），而主耶穌所說的重生，指的是從水和聖靈生的，「水」是潔淨的意思，指出人必須先要悔改，承認自己的過失與曾犯的罪。「聖靈」表示重新的開始，當我們接受神的話時，神的話就如種子在我們心裡發芽，若我們細心澆灌使它茁壯成長，使我們與神有份。
3:6節指的是當尼哥底母做猶太人的師傅，他傳授律法知識，將來他的學生也繼續傳承他的知識，知識豐富卻不能完全遵循所教導的，無法使人與神連結，因為人的罪仍存在。主耶穌說人要先潔淨自己，認罪悔改，靠著聖靈內住重新開始新的生命，靠著神的憐憫與慈愛，才能與神連結，有神的同在。
13-14節主耶穌引用民數記21章預表祂將擔當眾人的罪，為眾人的罪付代價，使凡仰望祂的人，就是信祂且接受祂的人得永生。
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