無論是民族斗爭、階級斗爭還是文明斗爭，這些都屬於表層現象或表現形式。即使是很重要的現象和形式，它們也都不是歸根結蒂意義上的原因。真正導致這幾種斗爭的根本原因則是利益的矛盾和沖突。亨氏的理論功績在於他指出了文明沖突的現象和事實，但他沒有深入探討引起這種現象的根源。實際上，人們並不僅僅依據文化或宗教認同，而是依據自身各種利益的重要性和優先性來選擇聯合與斗爭的對象和範圍。正如19世紀的英國首相亨利•約翰•坦普爾•帕默斯頓說過的那樣﹕“我們沒有永恆的盟友和永恆的敵人，我們只有永恆的利益。”只要人們仍然以自己的利益得失作為區分敵友的標準，只要世界仍然處於各自為政的無政府狀態，這一格言就仍然是真理。因而，人們究竟將按照民族國家、還是階級差別、還是文明程度來劃分敵友陣線；究竟採取什麼性質的斗爭或合作的策略，這取決於他們切身利益的性質（地區利益、階級利益、民族利益、文明利益等等），以及哪一種利益具有更大的重要性與優先性。只有當文明利益在重要性上已經決定性地超過了階級利益和民族利益的時候，以文明為主題的合作和沖突才會真正成為普照一切的時代主題。就目前的世界局勢來說，有許多沖突不是由文明差異引起的，即使是那些文明之間的沖突，我們也可以清楚地看到，在文明沖突的表象之下隱藏著真正的利益沖突。比如，海灣戰爭表面上是西方文明與伊斯蘭文明之間的沖突，但起因卻是伊斯蘭世界內部的伊拉克與科威特之間的領土和石油資源之爭，西方的介入也是出於保護其獲取石油資源的重大利益考慮，美國與科威特和沙特阿拉伯的結盟關系則明顯地是跨文明的聯盟。又如，以色列與阿拉伯國家之間的戰爭是文明間的戰爭，但其起因和實質仍然是領土爭端而不是宗教爭端（亨廷頓否認這一點），其解決方式也只能是“土地換和平”而不可能是“猶太教換伊斯蘭教”。當亨氏斷言文明差異的核心是宗教差異、這些差異將導致文明之間的沖突時，他寧願對那些不同性質的沖突視而不見，同時由於他停留在僵化的宗教教條層面上，將不同文明或宗教的差異和不相容性絕對化，因而得出了物質利益分歧可以通過談判和妥協來解決，而文明沖突卻無法通過談判和妥協來解決的錯誤結論。仔細考察世界上的各種沖突之後我們可以發現，在形形色色的名義（包括文明或宗教差異）下發生的沖突從根本上來說都是由利益矛盾引起的，只有在利益矛盾的基礎上或在沖突已經發生之後，文明或宗教的差異和認同才會從意識層面上加劇文明之間和文明內部的分裂、聯合與沖突。世界歷史進入提倡宗教自由和宗教寬容的近現代以來，純粹由文明或宗教差異引起的沖突是很難想象的，我懷疑即使在盛行狂熱的宗教迫害和宗教戰爭的中世紀也很難找出單純的文明沖突或宗教戰爭，無論在近現代還是在古代或中世紀，文明沖突或宗教戰爭背後往往都隱藏著對於領土和財富等經濟利益或支配地位和世界霸權等政治權力的爭奪。